Pokud jde o fakturu jako daňový doklad, její elektronickou podobu definuje zákon. Daňový doklad má elektronickou podobu tehdy, je-li vystaven a obdržen elektronicky. S použitím daňového dokladu v elektronické podobě musí souhlasit osoba, pro kterou se plnění uskutečňuje. Fakturu vystavenou v elektronické podobě na webu Faktury nazýváme také faktura online.
Elektronickou fakturou může být například dokument PDF vytvořený na Faktury webu, strukturovaný dokument XML (eXtensible Markup Language), faktura zobrazená ve formě webové stránky (HTML) a podobně.
Forma souhlasu osoby, pro kterou je faktura určena, není předepsána a záleží na dohodě obou stran obchodní transakce. Souhlas může být udělen písemně, ústně, nebo jakýmkoli formálním nebo neformálním způsobem. Akceptovat lze i tichý souhlas, například v podobě zpracování a zaúčtování faktury. Osoba, pro kterou se plnění uskutečňuje, nemusí souhlasit s použitím daňového dokladu v elektronické podobě, a v takovém případě by takový doklad neměl být vystaven.
Podle § 35a zákona o DPH lze daňový doklad převést z papírové do elektronické podoby a naopak. Můžete například naskenovat papírovou fakturu do formátu PDF nebo vytisknout e-mail s fakturou. Obě formy faktur jsou si rovnocenné. Dokonce je možné, za určitých podmínek, odstranit originál při zachování kopie. Například můžete uchovat naskenovanou fakturu v počítači a papírovou fakturu zničit, nebo odstranit doručený e-mail s fakturou a uchovat vytištěnou verzi. Je třeba dodat, že při pořízení kopie faktury je nutné zajistit věrohodnost původu, neporušenost a čitelnost obsahu.